En 1629 fue suprimido allí el luteranismo y se restableció el culto católico, por lo que se vio obligado a regresar a Breslau, donde se estableció como comerciante. En 1633 fue nombrado organista de Santa Elisabeth allí sin, sin embargo, abandonar sus actividades comerciales. Su puesto de organista llegó a su fin en 1649, cuando una parte de la iglesia se cayó y destruyó el órgano; pero él continuó su carrera de negocios y murió próspero.

Página de inicio de "Geistlicher Concerten und Harmonien" de Ambrosius Profe - Leipzig, 1641

No es como compositor sino como un asiduo editor y coleccionista que Profe merece particular mención. Su colección principal es la "Geistlicher Concerten und Harmonien" en cuatro volúmenes (1641-46), completada por el "Corollarium" de 1649. Su objetivo era introducir obras vocales italianas, principalmente en estilo motete, a músicos de la iglesia en el este y el centro de Alemania: incluyó obras de 31 compositores principalmente de la escuela veneciana, cuya escritura poli coral había sido popular en Silesia, en particular 27 obras de Giovanni Rovetta.

Los textos de Profe aún no se han comparado con las ediciones italianas originales. (Es interesante que 11 ediciones venecianas originales de Rovetta, publicadas entre 1636 y 1650, se mantuvieran en Breslau y por lo tanto podrían haber venido de la biblioteca de Profe.) También incluye obras de unos pocos compositores de Alemania oriental y tres obras únicas de Schütz, entre ellas el diálogo "Ich beschwöre euch" en siete partes, con que concluye el segundo libro (1641).

En 1644 publicó "LXX Symphonien auff Concerten manir" de Scheidt. Con las 31 piezas de Navidad de "Cunis solennibus" (1646) Profe trató de rescatar del olvido canciones  del pasado que 'fueron llamadas rótulas, o canciones de cuna para el niño Jesús, y se cantaban en medio del Magnificat, y todavía se puede utilizar devocionalmente por nosotros y nuestros sucesores'; 18 de las piezas tienen las palabras en alemán, diez se encuentran en latín, y tres tienen textos mezclados. Profe también dio pasos para dar a conocer las canciones con bajo continuo de Heinrich Albert, del norte de Alemania. Estas fueron, sin duda conocidas y amadas en Breslau, pero las ediciones originales en folio estaban agotadas, y en 1657 Profe publicó una selección de 134 de ellas en dos volúmenes en un conveniente formato más pequeño.

De las propias obras de Profe, la más importante es el libro de texto de la escuela de música "Compendium musicum, das ist, Kurtze Anleitung wie ein junger Mensch … möge singen lernen" (Leipzig, 1641). En este pequeño trabajo atacó el antiguo sistema de solfeo basado en el hexacordo, por el que Mattheson lo elogió calurosamente en 1717 y 1740. Pero elogios como los de un músico más moderno como Mattheson no fueron siempre muchos en el propio tiempo de Profe: Otto Gibelius se quejó en su "Kurtzer ... Bericht von den Vocibus musicalibus" (1659) de que, en lugar de sílabas cantables como do-re-mi, Profe utilizara nombres de letras ('abcedieren'), que sonaba horrible. Además de este libro de texto sólo unas pocas piezas de música de Profe sobreviven.